Desde o surgimento das Cadeias Públicas e da primeira Penitenciária, em 1909, a Secretaria de Estado dos Negócios do Interior, Justiça e Instrução Pública e a Chefatura de Polícia eram os órgãos responsáveis pelas Cadeias e Penitenciária do Estado.

Essa subordinação direta à Chefatura de Polícia foi adotada até a criação do Departamento de Estabelecimentos Penais do Estado - DEPE, através da Lei 1767, de 17 de fevereiro de 1954, sendo designado como Diretor-Geral o Dr. José Muniz de Figueiredo, que desde 1951 estava à frente das obras de conclusão da Penitenciária Central do Estado, e acumulando a Direção da Penitenciária do Estado (Ahú) e da Prisão de Mulheres da Rua Barão do Rio Branco. Conheça todos os Diretores e Coordenadores do DEPEN.

A partir de 9 de julho de 1962, através do Decreto 4615, é criada a Secretaria da Segurança Pública, passando o DEPE a subordinar-se à mesma, e a responsabilizar-se pelas penitenciárias, prisões, escolas de recuperação, colônias, sanatórios e manicômios penais. Somente em 1971, em virtude do disposto no artigo 150 da Emenda Constitucional 3, de 29/05/1971, e do Decreto 698 de 19/08/1971, o DEPE volta à jurisdição da Secretaria do Interior e Justiça.

A denominação DEPEN é adotada até 1975, quando passa a chamar-se Coordenação do Sistema Penitenciário - COOSIPE, que seria novamente modificada em 1987, dentro da nova regulamentação da Secretaria de Estado da Justiça, passando a denominar-se Departamento Penitenciário - DEPEN.

Tal situação perdura até 2000, quando, através do Decreto nº 2881, de 19/10/2000, sua denominação é novamente alterada para Coordenação do Sistema Penitenciário do Estado – COPEN, e sua vinculação hierárquica passa para a esfera da Secretaria de Estado da Segurança Pública. Em 19 de março de 2001, pelo Decreto nº 3728, nova alteração é procedida, a denominação volta a ser Departamento Penitenciário do Estado - DEPEN, ainda sob a esfera da Secretaria de Estado da Segurança Pública. Em 2002 a estrutura organizacional do Estado é modificada – Lei nº 13667 de 05/07/02, é criada a Secretaria de Estado da Segurança, da Justiça e da Cidadania – SESJ, que incorpora em seu âmbito de atuação o DEPEN. Esta situação vigora até 30 de dezembro de 2002, quando, através da Lei nº 13986, é recriada a Secretaria de Estado da Justiça – SEJU, com o DEPEN integrando sua estrutura.